Das Baptisterium wurde nach 1516 auf den Fundamenten einer früheren Kirche, die dem Heiligen Martin gewidmet war, erbaut.
Nach der Zerstörung des alten Baptisteriums, das 1555 zur Erweiterung des Platzes vor der neuen Fassade des Doms errichtet wurde, übernahm er den Titel und die Funktion.
Nach dem Erdbeben von 1873, das den Abriss der nahe gelegenen Kirche S. Andrea mit sich brachte, beherbergt sie die Madonna delle Grazie aus dem 14. Jahrhundert, während ihre zahlreichen Ex-voto-Tafeln (vom 15. bis zum 19. Jahrhundert) im Stadtmuseum aufbewahrt werden.
Im Inneren, zur Krönung des großen Taufbeckens, befindet sich ein kleiner Johannes der Täufer von Andrea Brustolon (1662-1732).
